Du bekommst folgendes:

Das Einkommen der Alchemiestube
+ Das Einkommen der Burg
+ Das Einkommen als Alchemist (Was dein ((Alchemieskill - Boni)/5) *10 Gm beträgt (vor den 10 Gm bitte einmal abrunden)

Aber überleg dir ob Neftarie überhaupt die Zeit hat, neben der Leitung einer Baronie noch als Alchemistin zu arbeiten.

Gilt das neue Gehaltssystem eigentlich weiterhin als durchschnittswert für eine Periode in der man täglich 8 Stunden in dem entsprechenden Beruf arbeitet?

Laut unserer Regeln hat sie das. Den Zehnt bekommt sie ja so oder so und wenn sie darüber hinaus noch ihre alchemistische Profession weiterverfolgt, kann sie damit auch noch Gewinn erwirtschaften.

Naja als Baron kannst einer solchen Arbeit ja 8 Stunden am Tag nachgehen, was den Lohn rechtfertigt.
Was dann noch übrig bleibt sind die Aufgaben eines Barons, wie zum Beispiel die Ausführung der hohen Gerichtsbarkeit, die Verwaltung der Baronie, die Sorgen der Bewohner...

Wenn du nun von 8 Uhr morgens bis 16 (womöglich noch länger) Uhr arbeitest, könnten die Aufgaben des Adels durchaus vernachlässigt werden. (Die Freizeit der Charaktere am Abend habe ich hier noch nicht beachtet)

Natürlich gibt es auch da Lösugen wie Vogte oder ein Versorgungsring aber es ändert nichts daran, dass der Tag nur eine Begrenzte Anzahl an Stunden hat.

Malik allerdings hockt derzeit alleine in Rivin, welches von dem Krieg bislang keine verheerenden Auswirkungen erlitten hat in Form von Belagerungen. Weshalb steht ihm dann kein Gehalt zu? Weil es zu aufwendig ist es manuell einmal nach 4 Wochen auszuzahlen?

Das Gehalt wird während des Krieges nicht ausgeschüttet.
Etwaige Unlogiken müssen sich den technischen Möglichkeiten leider unterordnen.